微生物发酵是一种利用微生物代谢产生的各种化合物的生产方法，已经在制药、食品、饲料、化妆品等领域得到广泛应用。微生物发酵在生产中的应用，能够大幅度提高产品的质量和产量，同时还能降低产品成本，保障生产安全。
其中最常见的应用就是在酸奶生产领域了。利用乳酸菌的发酵能力，将牛奶中的乳糖转化成乳酸，可以使酸奶口感更为浓郁、柔滑，在消化方面也具有更好的效果。此外，还常用于制备发酵豆腐、抗生素、香料、氨基酸等食品和药品。
在一些工业领域中，微生物发酵也有了广泛应用。例如，利用微生物对有机物的发酵，可以得到多种有机酸，如乙酸、丙酸等。利用微生物对废水进行生物处理，能够将有机物和无机物降解，还能降低污水处理成本，从而达到减少环境污染的目的。